La morería y la judería en Elche habían quedado asentadas en el barrio del Arrabal, al sur de la villa, y con motivo de la conversión de gran parte de los musulmanes de aquel barrio al cristianismo se necesitaba un templo, y siguiendo la costumbre conocida en los reinos conquistados, la mezquita pasó a ser templo cristiano y se dedicó a San Juan Bautista en conmemoración de aquel bautismo masivo que fue en 1526. El nuevo templo cristiano exigió importantes adaptaciones, aunque a pesar de ellas la mezquita resultaba incomoda. Se pensó en una demolición y posteriormente sobre sus cimientos construir una nueva Iglesia, como ya había sucedido en la Basílica de Santa María.

La Iglesia fue consagrada en las fiestas de San Juan Bautista el 24 de junio de 1601, y parece ser que se hizo a expensas del Sr. de la Villa Don Bernardino Carduras, consagrándola el obispo de la diócesis Dr. José Esteve. No había pasado el año cuando el Papa Clemente VIII la erigió parroquia el 28 de mayo de 1602, pasando a ser la tercera parroquia de la villa.